CIES, cuenta con la certificación ISO (Organización Internacional de Estandarización) 9001:2015 otorgada por el Instituto Boliviano de Normalización y Calidad (IBNORCA) reconociendo y validando el sistema de gestión de la calidad y servicios. CIES obtuvo la primera certificación el año 2016, luego de cumplir con el proceso establecido por la certificadora, desde entonces recibe auditorias de seguimiento para la renovación de dicha certificación.
Actualmente la vigencia de la certificación es hasta el 10 de noviembre de 2024.

El alcance de la certificación ISO 9001:2015 del Sistema de Gestión de la Calidad abarca la prestación de servicios de asistencia en salud que comprenden: consulta externa, hospitalización, cirugía, emergencias y fertilidad; prestación de servicios complementarios en salud de: ecografía, farmacia y prueba de captura híbrida; Gestión de servicios de laboratorio, radiología, patología, alimentación y dietética, tomografía y terapia intensiva. Prestación de servicios educativos, investigación, de incidencia y abogacía, desarrollados bajo procesos visionales y de apoyo en la Oficina Nacional y Clínica modelo de la ciudad de La Paz.

La contribución al avance y defensa de los derechos sexuales y derechos reproductivos en Bolivia ha sido fundamental en distintos ámbitos. Se ha trabajado intensamente en la prestación de servicios médicos y educativos en salud sexual y salud reproductiva, así como en la protección y promoción de los derechos sexuales y reproductivos de niños, niñas, adolescentes y jóvenes bolivianos. Además, se ha realizado una labor constante en la lucha contra el cáncer, las enfermedades de transmisión sexual y el VIH/SIDA, fortaleciendo la atención integral y el acceso a información y servicios de calidad.